امروزه از مارکرهاي مولکولي و به ويژه مارکرهاي مبتني بر DNA به طور گسترده اي در بسياري زمينه ها از قبيل نقشه يابي و رديابي ژن ها، تعيين جنسيت، بررسي تنوع ژنتيکي يا روابط ژنتيکي به کار مي روند. در ژنتيک جمعيت مارکهاي مبتني بر پروتئين (آلوزايم ها) اولين مارکرهايي بودند که به طور گسترده مورد استفاده قرار گرفتند. روشهاي مبتني بر DNA امروزه بهترين روش هايي هستند که براي تمايز بين موجودات بسيار نزديک به هم انتخاب مي شوند. استفاده از مارکر هاي مبتني بر DNA حتي امکان مقايسه هاي کارآمدي را نيز فراهم مي نمايد.